副本系统副本是玩家可以独自探索或者同朋友一起组队挑战的游戏地图，玩家（或小队）在副本中可以独享地图中的所有怪物及资源。副本内的怪物能力远高于同级别的野外怪物，与之呼应的就是更好的收益，副本里掉落的装备，无论数量还品质，都不是野外地图可以相比拟的。
在《隋唐演义》中，同一副本的难度分为普通副本和英雄副本两类，玩家可根据自己的级别限制及任务需要选择进入某一难度的副本。
1、普通副本的难度相对较低，怪物的级别和强度较副本所在地图的怪物略强。玩家可在此完成普通每日副本任务。普通副本内的掉落道具的品质和数量略低。
2、英雄副本中的怪物种类和分布大致与普通副本相同，但不论是怪物的级别、数量，还是BOSS的强度都远超普通副本，掉落的装备自然也上了不止一个档次。到了游戏的中后期，普通副本逐渐消失，每一个副本都需要玩家全力以赴方可过关。部分副本还需要特定的钥匙才能进入，其中更有着噩梦级的怪物和奢华的宝物。
隋唐演义
45级以下的副本介绍
副本名称：瓦岗地穴
副本等级：15级以上
副本难度：普通&英雄
副本背景：程咬金三斧定瓦岗，翟让败退离开。失去寨主地位的翟让不甘心失败，纠集手下的心腹在暗中挖了一条直通瓦岗寨的地道，准备暗中偷袭。由于手下叛变，瓦岗寨提前得知此事，于是派遣义军中的高手进入瓦岗地穴清剿翟让及其手下。
瓦岗地穴
副本名称：驼骡寨
副本等级：25级以上
副本难度：普通&英雄
副本背景：驼骡寨的大寨主伍天锡被迅速发展的天市教所收服。他带领驼骡寨的贼兵，占据临潼山一带。利用暗杀、绑架等手段控制江湖大豪或地方氏族，不从者均遭其残害。不仅如此，伍天锡还在铁鎌教的指使下杀害太原府的守军，严重威胁到李氏父子的势力范围。为了铲除驼骡寨这个祸害，李渊决定联合义军攻打驼骡寨，铲除伍天锡。
驼骡寨
副本名称：万毒大阵
副本等级：35级以上
副本难度：普通&英雄
副本背景：万毒老祖穷极一生研究阵法、蛊术与机关术，并成功将蛊术与机关术合二为一，把生物的灵魂封进机关之中形成没有意识的机关傀儡。临终之前老祖将自己的灵魂化成万毒之魂，百年之后，万毒之魂终于苏醒，老祖意图利用邪术为祸众生。老祖的大弟子刘宇飞同样将自己的灵魂融进机关之中，在老祖苏醒的同时，刘宇飞的灵魂亦苏醒。生就有着一颗慈善之心的刘宇飞不能容忍自己的师傅利用邪术伤人，他通过意念通知守阵人广邀天下豪杰破坏老祖的图谋，他会从内部帮助破阵的豪杰开启阵门。
万毒大阵
