一个星期之后，联邦和同盟幸存下来的人们派出他们所有最精英的科学家登上了那艘神秘的飞船，却没有任何智慧生物的痕迹，似乎是一艘被它主人抛弃的空船，之前的行动只是这艘飞船智能AI的自动防卫反应。
值得庆幸的是，人们在这艘飞船的导航系统里找到了残存的银河系星图，在星图里人们发现了距离太阳系1万多光年之外靠近银心的几个恒星系有和太阳系相似的环境，这让人类看到了希望，而方舟计划就此展开。
在接下来的时间里，人类调动所有的资源和人力物力来建造巨大的星际运输船，同时科学家们也日夜不停地研究那艘未知文明的飞船。
表面上看来人类似乎从来没有象这样抛弃了种族，地域，文化的界线，为了同一个目标而齐心努力着，但事实并非如此，人类的私心和欲望从来都没有停止过，方舟计划内部暗流涌动，无论是联邦还是同盟都分成了几大利益集团。
宇宙历12年3月15日，长达20公里原联邦政府建造的星际运输船“曙光号”升空，随行各种大小舰只共计有85艘，满载着8千多万人和他们的希望飞向遥远的银河深处。
两个月后，原同盟政府的“希望号”随同护卫舰、补给舰、运输舰等共67艘飞船飞离火星轨道。
之后的半年里联邦商业联盟的“探索者号”飞船；亚瑟民间商业联合会的“未来号”；轩辕集团的“成功号”，纷纷起航，载着剩余的2亿人类和巨大的基因库飞向那未知的星域。
宇宙历12年12月22日，最后一批人类离开太阳系，新的纪元开始了！
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